Historia Zgromadzenia Misjonarek Św. Antoniego Marii Klareta ma swoje korzenie w Zgromadzeniu franciszkańskim Ubogich Córek św. Antoniego z Padwy istniejącym we Włoszech, które odpowiedziało na apel Ojca Świętego, dotyczący rozpoczęcia działalności misyjnej.
5 grudnia 1952 roku pierwsze cztery siostry zostają wysłane do dalekiej Brazylii. W 1953 roku do Brazylii udała się następna grupa sióstr z przełożoną misji Matką Leonią Milito, jako Delegatką Przełożonej Generalnej. Matka Leonia jednocześnie była mistrzynią nowicjatu młodych misjonarek.
Czas mijał, Włoszki szybko przyzwyczaiły się do nowych warunków. Prowadzone przez Matkę Leonię z entuzjazmem i gorliwością apostolską oddawały się służbie Bogu poprzez dzieła charytatywne oraz kształcenie dzieci ubogich i opuszczonych. Pracowały także z ludźmi starszymi otwierając dla nich domy spokojnej starości. Prowadziły katechezę dla dzieci, młodzieży i dorosłych. Pomagały we wszystkich pracach parafialnych. Dając z siebie wszystko, młode siostry szybko zyskały sobie sympatię narodu brazylijskiego. Owocem były dziewczęta – Brazylijki, pragnące wstąpić do Zgromadzenia, aby wspomóc działalność Instytutu.
W tym okresie rozpoczęły się dla misjonarek bardzo trudne i niespokojne dni: przełożone we Włoszech zostają zmienione; nowy zarząd generalny podjął decyzję o natychmiastowym powrocie misjonarek do ojczyzny i zaprzestaniu działalności misyjnej. W zaistniałej sytuacji Matka Leonia robi wszystko, aby przełożone we Włoszech zrozumiały po co i dlaczego potrzebne są misje w Brazylii. Widząc niemożliwość porozumienia, zwraca się do władz kościelnych w Brazylii, które kierują jej prośbę do ojca Geraldo Fernandesa, misjonarza klaretyna, opiekującego się siostrami zakonnymi w Brazylii. W 1957 roku o. Geraldo zostaje mianowany biskupem Londriny. Jako biskup jest powołany przez Nuncjusza Apostolskiego do opieki nad siostrami. Natomiast Wizytator Apostolski, po odwiedzeniu wszystkich wspólnot, rozpoznał specyficzną sytuację Matki Leonii i jej współsióstr. Potrzebne było prawne określenie sytuacji sióstr. Dlatego też biskup Geraldo Fernandes udał się do Rzymu, aby w sposób ostateczny rozstrzygnąć kwestię założenia Zgromadzenia.
Kongregacja do spraw Instytutów Zakonnych za jego pośrednictwem autoryzuje, aprobuje i błogosławi fundacji nowego Zgromadzenia.
19 marca 1958 roku, w dniu św. Józefa, Matka Leonia otrzymała pocztówkę od biskupa Geraldo, na której napisał: „Te Deum laudamus. Wszystko zostało załatwione z Sekretarzem do spraw Instytutów Zakonnych… Magnificat.” I tak rozpoczęło działalność nowe Zgromadzenie.
Widząc zaangażowanie i gorliwość ojca Geraldo Femadesa, Matka Leonia wraz z siostrami, pełne wdzięczności poprosiły go, by stał się ich założycielem.
W niedługim czasie po fundacji nastąpił wielki rozwój nowego Zgromadzenia, a misjonarki otwarte na potrzeby Kościoła podążyły na spotkanie z braćmi żyjącymi i blisko i daleko.
22 sierpnia 1958 roku Zgromadzenie zostało zaaprobowane przez Stolicę Apostolską jako Pobożne Zrzeszenie o nazwie „Misjonarki św. Antoniego Marii Klareta”. Matka Leonia została mianowana Przełożoną Generalną. Funkcję tę pełniła aż do śmierci. 7 maja 1962 roku biskup Geraldo podniósł Instytut do miana Zgromadzenia na prawach diecezjalnych. Dnia 22 sierpnia pierwsze dwadzieścia sześć sióstr złożyło śluby wieczyste.
W dniu l stycznia 1963 roku Matka Leonia otrzymała od Stolicy Apostolskiej pozwolenie wystawienia Najświętszego Sakramentu na wieczystą adorację w domu formacyjnym, w Londrinie. 24 czerwca 1965 roku Zgromadzenie przybyło do Europy: do Włoch i Szwajcarii, następnie do Francji, a w 1967 roku do Niemiec. Dnia 31 maja 1967 roku Zgromadzenie otrzymało od Stolicy Apostolskiej „Decretum Laudis”, dzięki czemu stało się Instytutem Życia Apostolskiego na prawach papieskich.
W geście podziękowania za tę aprobatę, w 1969 roku Matka Leonia otworzyła pierwszą placówkę w Afryce: na Wybrzeżu Kości Słoniowej.
8 grudnia 1975 roku Zgromadzenie otrzymało od Stolicy Apostolskiej definitywną aprobatę Konstytucji odnowionej według wskazań Soboru Watykańskiego II.
W 1979 roku Zgromadzenie przybyło na odległy kontynent australijski (Melbourne).
Wkrótce potem Matka Leonia otworzyła kolejne domy w Afryce, w Gabonie. A na początku 1980 roku rozpoczęła nową misję w Argentynie, a zaraz potem w Chile.
W 1980 roku ginie w wypadku samochodowym Matka Leonia Milito, a w dwa lata później umiera abp Geraldo Femandes.
Młode Zgromadzenie obecnie kontynuuje swoją drogę już bez Założycieli, ale zawsze stara się, aby odpowiadać na znaki czasów i potrzeby Kościoła.
W latach dziewięćdziesiątych zostały otwarte domy na Filipinach, w Paragwaju, w Portugalii i w Polsce. Kolejno misjonarki rozpoczęły swoją działalność w Togo, Indiach, Indonezji, Mozambiku oraz Sri Lance. Obecnie Zgromadzenie Misjonarek Klaretynek obecne jest w 17 krajach świata.
